El Sector Medio Ambiente del Fondo Adaptación busca fortalecer los procesos de ordenamiento ambiental del territorio, como estrategia fundamental para reducir las condiciones de riesgo en las regiones (cuencas hidrográficas) que fueron impactadas por el Fenómeno de La Niña 2010-2011, mediante la formulación y/o actualización de Planes de Ordenación y Manejo de Cuencas Hidrográficas (POMCAS). También busca la implementación de acciones en el territorio tales como: la delimitación de humedales y páramos para la protección o regulación de su ocupación; el diseño e implementación de una red hidrometeorológica de alertas tempranas y su respectiva herramienta de gestión y análisis de información, que permita articular los procesos de ordenación ambiental. De igual manera, se ocupa de la recuperación ambiental, rehabilitación y protección de áreas de regulación y recarga hídrica prioritarias para prevenir y mitigar inundaciones, deslizamientos y avalanchas. Los proyectos ejecutados apuntan a un adecuado ordenamiento ambiental del territorio, que incorpora el componente de gestión del riesgo como determinante ambiental en las políticas de desarrollo.